日本回国在哪里办理？
这个“办”字就很有意思了，到底是要办理什么？ 护照是出门在外的身份证明文件，回国的交通工具可以是飞机火车轮船或汽车，但证件最终证明的是你身份的文件只有护照而已。也就是说，从外国回到中国，有护照就可以了。
那题主所谓的“办理”是不是指，在日本长期居住的中国公民（持中华人民共和国护照），因某些原因需要返回故乡的证件和程序呢？ 中国户籍部门负责国内公民户口、身份证、户籍证的发放和管理，而出入境管理则是由外交部和公安部共同负责。 根据《中华人民共和国出境入境管理法》规定，中国公民离开本国国境，前往外国定居或者居留的手续称出境签证；而外国公民以留学、商务、旅游、探亲等方式申请出入境中国的许可，称为入境签证。
当然，有些地区性的政策可能不同，比如香港和澳门就是中国领土，但实行的是特区法律，所以港澳地区的出入境管理也是分开的，需另外咨询。 而日本作为我国的邻邦，两国之间人员往来是非常便利的。
首先，出国去日本不需要任何特殊的办理，中国护照只要经过正常申请即可出入，没有特定的签证类型； 但返回中国的时候就会遇到麻烦了，因为中国不承认双重国籍，如果选择加入日本籍并以此身份居住在海外的话，那么回国就要按外国人入境的管理规章来办理了——这也就意味着需要提前向户籍所在地派出所报备，申请护照原件才能购买机票，并在入境时接受海关检查。
如果是以华侨身份回国，则需要提供回乡证或是护照+户口本等资料向户籍所在地公安机关申领。 这里需要提醒楼主的是，无论以何种身份办理，最终能够成行的条件还是以日本国政府允许您继续留在该国境内为准。毕竟我国有关部门所做的只是审批您的申请，并不对申请人前往的国家或地区是否安全、社会秩序如何等问题负责。