日本永居转归化吗？
作为在日本生活了18年的中国人，很明确的告诉你，可以的。 我身边就有例子。 先放图证明不是瞎说： 这位朋友是高中的时候来的日本，那个时候也才19岁吧，来日本后开始上语言学校学习，语言学校毕业后进入公司工作，因为会中文所以被分到了中国事务部。
一开始只是单纯的签证类型不对，属于留学签证，在留资格是语言。后来因为工作原因需要申请工作签证但是又不符合条件（具体什么原因他也没告诉我），于是就申请了归化日本的国籍并且通过了，从留学签证换成了归化居留许可。
注意！重点来了！虽然换了归化的居留许可证，但是他的护照上的出入境章依然是中文的（因为他之前一直是拿的中国护照）。 所以，题主担心的问题根本不存在。
另外补充一点，这个朋友是在拿到绿卡之后入的日本国籍，并非大家所认为的拿了绿卡就自动成为日籍国民。